Data & interpretasi
Jasa analisis bioinformatika data NGS
Mulai dari pertanyaan penelitian dan data yang tersedia. GSN membantu menyusun lingkup analisis bioinformatika agar keluaran data, tabel, dan visualisasi sesuai dengan tujuan proyek.
Susun analisis berdasarkan jenis data
WGS, RNA-seq, dan mikrobioma memerlukan jalur analisis berbeda. Pekerjaan dapat dimulai dari QC data, lalu berlanjut ke pemetaan, assembly, kuantifikasi, atau profil komunitas sesuai pertanyaan penelitian.
Sebutkan platform sequencing, format data, jumlah sampel, dan analisis yang sudah dilakukan. Data dari penyedia lain dapat dibahas untuk peninjauan kelayakan sebelum lingkup pekerjaan ditetapkan.
Metadata merupakan bagian dari analisis
Nama sampel, spesies, kelompok, replikasi, dan waktu pengambilan membantu menghubungkan data dengan rancangan penelitian. Kesalahan label atau kelompok dapat mengubah pertanyaan yang sebenarnya diuji.
Referensi genom, versi anotasi, basis data, dan parameter penting perlu dicatat. Untuk perbandingan kelompok, tentukan kontras dan batas interpretasi bersama desain penelitian, bukan setelah melihat daftar hasil yang menarik.
Tentukan apa yang harus diserahkan
Lingkup analisis perlu menjelaskan file, tabel, gambar, serta laporan yang akan diserahkan. Contohnya adalah ringkasan QC, assembly dan anotasi, hasil pemetaan, tabel ekspresi, atau profil taksonomi sesuai metode yang dipilih.
Minta format yang dapat digunakan untuk pekerjaan berikutnya. Bahas juga cara transfer data, pihak penerima, kebutuhan penyimpanan, dan tahapan peninjauan hasil. Jika dibutuhkan analisis tambahan, rincian serta biayanya perlu disepakati terpisah.
Hasil penelitian harus dibaca bersama kualitas data dan rancangan eksperimen. Keterbatasan sampel, referensi, atau replikasi tetap perlu dicantumkan dalam pembahasan hasil.
Keluaran yang dapat disepakati
- Ringkasan QC dan metode analisis
- File analisis sesuai workflow yang dipilih
- Tabel serta visualisasi yang disepakati
- Laporan dan pembahasan batas interpretasi
Pemeriksaan dan analisis yang disertakan mengikuti penawaran yang disetujui untuk proyek Anda.
Pertanyaan umum
Hal yang sering ditanyakan
Apakah data dari penyedia sequencing lain bisa dianalisis?
Sampaikan format, assay, platform, dan metadata untuk peninjauan. Kelayakan serta kebutuhan perbaikan data ditentukan sebelum pekerjaan dimulai.
Apakah semua paket menghasilkan volcano plot atau pathway?
Tidak. Visualisasi dan analisis lanjutan mengikuti jenis data, pertanyaan, serta desain penelitian. Keduanya harus masuk dalam lingkup yang disepakati.
Bisakah analisis dilakukan jika tidak ada replikasi biologis?
Sebagian analisis deskriptif atau eksploratif mungkin relevan, tetapi klaim statistik perlu dibatasi. Kelayakannya ditinjau dari desain, metadata, dan tujuan penelitian.