Mikrobioma
Jasa metagenomik & full-length 16S sequencing
Tentukan pendekatan yang sesuai untuk mempelajari komunitas mikroba. GSN membantu membandingkan shotgun metagenomics dan full-length 16S berdasarkan tujuan, matriks sampel, serta kebutuhan analisis.
Pilih berdasarkan informasi yang dibutuhkan
Full-length 16S pada layanan yang dirujuk berfokus pada profil komunitas bakteri. Shotgun metagenomics membaca DNA yang lebih luas dan dapat mendukung analisis taksonomi serta potensi fungsi, sesuai metode dan basis data yang dipilih.
Keduanya bukan pemeriksaan yang dapat saling menggantikan untuk setiap tujuan. Sampaikan apakah fokus Anda adalah komposisi bakteri, kelompok mikroba yang lebih luas, atau gen dan jalur fungsi.
Perhatikan sampel dan kontrol
Jenis matriks, biomassa, metode ekstraksi, riwayat penyimpanan, dan kemungkinan DNA inang memengaruhi perencanaan proyek. Kontrol negatif dan metadata perlu dipertimbangkan sejak pengambilan sampel, terutama bila biomassa rendah.
Untuk membandingkan lokasi atau perlakuan, gunakan pendekatan pengambilan dan penanganan yang konsisten. Identitas sampel, kelompok, waktu, serta faktor yang dapat memengaruhi komunitas perlu tercatat dengan baik.
Tentukan hasil analisis yang akan dipakai
File sequencing dapat dilengkapi dengan profil taksonomi, ringkasan diversitas, serta analisis fungsi untuk shotgun bila termasuk dalam lingkup pekerjaan. Pemilihan basis data dan metode analisis harus sesuai dengan tujuan penelitian.
Kelimpahan relatif dan identifikasi berbasis sekuens perlu ditafsirkan dalam konteks desain penelitian. Jika dibutuhkan perbandingan kelompok, tetapkan replikasi dan faktor pembanding sebelum memilih analisis statistik.
Persyaratan DNA dan pengiriman dikonfirmasi per metode. Jangan menganggap kebutuhan satu jenis sampel atau kit berlaku sama untuk seluruh material lingkungan maupun biologis.
Keluaran yang dapat disepakati
- File sequencing dan ringkasan QC
- Profil taksonomi sesuai metode yang dipilih
- Analisis diversitas bila termasuk lingkup
- Profil fungsi shotgun dan perbandingan sesuai desain
Pemeriksaan dan analisis yang disertakan mengikuti penawaran yang disetujui untuk proyek Anda.
Pertanyaan umum
Hal yang sering ditanyakan
Apakah full-length 16S mendeteksi semua mikroorganisme?
Tidak. Layanan full-length 16S yang dirujuk berfokus pada bakteri. Kebutuhan fungi, virus, atau target lain harus dibahas sebagai tujuan yang berbeda.
Apakah shotgun langsung memberikan analisis fungsi?
Analisis fungsi merupakan keluaran bioinformatika yang perlu dipilih. Pastikan lingkup, basis data, dan bentuk hasilnya tercantum dalam penawaran.
Apakah sampel tanah atau material mentah dapat dikirim?
Sampaikan jenis material dan kondisi penyimpanan terlebih dahulu. Penerimaan, ekstraksi, jumlah material, dan instruksi pengiriman perlu dikonfirmasi per proyek.