Transkriptomik
Jasa RNA sequencing & analisis transkriptom
Ukur ekspresi gen atau teliti RNA regulator dengan rancangan yang sesuai. GSN membantu memilih pendekatan RNA sequencing dan menetapkan kebutuhan sampel serta analisis sejak awal.
Pilih RNA yang ingin diteliti
Coding transcriptome, whole transcriptome, dan small RNA memiliki tujuan berbeda. RNA-seq untuk ekspresi gen tidak otomatis menggantikan library khusus miRNA. Pemilihan ekstraksi dan library harus menjaga jenis RNA yang memang ingin dianalisis.
Organisme juga menentukan pendekatan. Sebagai contoh, rancangan untuk bakteri perlu ditinjau terpisah dari seleksi mRNA poly-A konvensional. Jelaskan spesies, jaringan, serta target RNA sebelum memilih paket.
Desain penelitian menentukan kekuatan hasil
Susun kelompok penelitian, replikasi biologis, waktu pengambilan, dan perbandingan yang ingin diuji sebelum sequencing. Informasi ini membantu menentukan analisis yang memungkinkan dan mengurangi ketidakjelasan saat data sudah tersedia.
Perbedaan ekspresi pada satu sampel tidak dengan sendirinya menggambarkan variasi biologis suatu kelompok. Bila jumlah sampel terbatas, tujuan eksplorasi dan batas interpretasinya perlu dibahas sejak perencanaan.
Dari kualitas RNA hingga tabel ekspresi
Persyaratan RNA bergantung pada metode dan material. Kirimkan informasi konsentrasi serta profil integritas bila tersedia. FFPE, material terdegradasi, atau low-input membutuhkan peninjauan khusus; kesesuaiannya tidak dapat ditentukan dari konsentrasi saja.
Lingkup data dapat mencakup file sequencing, pemetaan, kuantifikasi, dan analisis lanjutan yang disepakati. Tetapkan referensi, anotasi, kelompok, serta kontras statistik agar laporan menjawab pertanyaan penelitian Anda.
Keluaran yang dapat disepakati
- File sequencing dan QC sesuai produk
- Pemetaan serta kuantifikasi bila dipilih
- Analisis ekspresi diferensial sesuai desain
- Tabel, visualisasi, dan analisis lanjutan yang disepakati
Pemeriksaan dan analisis yang disertakan mengikuti penawaran yang disetujui untuk proyek Anda.
Pertanyaan umum
Hal yang sering ditanyakan
Apakah satu library dapat mencakup semua jenis RNA?
Tidak selalu. Target RNA dan metode library menentukan apa yang dapat diamati. Small RNA seperti miRNA umumnya memerlukan pendekatan tersendiri.
Berapa nilai RIN minimum yang diperlukan?
Batas penerimaan bergantung pada workflow dan material. Gunakan persyaratan produk yang dipilih, bukan satu batas RIN untuk semua proyek RNA.
Apakah analisis diferensial sudah termasuk?
Analisis diferensial perlu disepakati dalam penawaran dan ditinjau terhadap desain penelitian. Siapkan metadata, kelompok, replikasi, serta perbandingan yang diinginkan.