Genomik
Jasa whole genome sequencing (WGS)
Pilih rancangan sequencing yang sesuai dengan pertanyaan genomik Anda. GSN membantu menyiapkan proyek whole genome sequencing, dari kebutuhan DNA hingga pilihan data dan analisis.
Short reads atau HiFi long reads?
Pilihan metode dimulai dari tujuan penelitian: mencari varian terhadap genom referensi, membandingkan isolat, atau menyusun genom de novo. Short-read dan HiFi long-read merupakan pilihan yang perlu dibandingkan berdasarkan kebutuhan biologis, kualitas DNA, dan anggaran.
Layanan genome sequencing CeGaT mencakup teknologi Illumina dan PacBio. GSN membantu mengoordinasikan pilihan layanan dan rincian proyek; instrumen dan fasilitas pengerjaan mengikuti penyedia layanan yang disepakati.
Tentukan output sebelum menentukan harga
Jumlah sampel, perkiraan ukuran genom, ploidi, dan tujuan analisis membantu menentukan kebutuhan output. Nilai Gb menunjukkan jumlah data, sedangkan cakupan terhadap genom juga bergantung pada data yang lolos QC dan karakteristik sampel.
Untuk studi populasi atau perbandingan kelompok, keseragaman desain dan metadata penting sejak awal. Untuk assembly, ketersediaan referensi dan target kelengkapan hasil perlu dibicarakan bersama metode sequencing.
DNA dan bioinformatika memiliki lingkup tersendiri
Kebutuhan DNA mengikuti produk yang dipilih. HiFi memerlukan perhatian khusus terhadap integritas DNA berukuran panjang. Berikan hasil konsentrasi, profil ukuran fragmen, dan metode ekstraksi bila tersedia.
File sequencing, pemetaan, analisis varian, assembly, dan anotasi bukan satu paket yang selalu sama. Setiap keluaran perlu tercantum dalam penawaran agar data yang diterima sesuai kebutuhan penelitian.
Keluaran yang dapat disepakati
- File sequencing dan ringkasan QC sesuai produk
- Pemetaan ke referensi jika dipilih
- Analisis varian atau assembly sebagai opsi
- Anotasi dan laporan sesuai lingkup yang disepakati
Pemeriksaan dan analisis yang disertakan mengikuti penawaran yang disetujui untuk proyek Anda.
Pertanyaan umum
Hal yang sering ditanyakan
Berapa Gb yang dibutuhkan per sampel?
Tidak ada angka universal. Kebutuhan ditentukan dari ukuran genom, ploidi, tujuan penelitian, metode sequencing, dan target cakupan yang disepakati.
Apakah WGS sudah termasuk assembly?
Assembly merupakan lingkup analisis yang perlu dipilih secara jelas. Sebutkan apakah Anda membutuhkan raw data, pemetaan, varian, assembly, atau anotasi.
Apakah DNA hasil ekstraksi sebelumnya bisa digunakan?
Bisa ditinjau melalui informasi konsentrasi, volume, metode ekstraksi, dan integritas. Kelayakan akhir mengikuti QC serta persyaratan produk yang dipilih.